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PubMed MCP服务器
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PubMed MCP服务器

基于 TypeScript · 让 AI 助手直接操作你的系统与工具
英文名：pubmed-mcp-server
⭐ 101 Stars 🍴 20 Forks 💻 TypeScript 📄 Apache-2.0 🏷 AI 8.0分
8.0AI 综合评分
mcpai-agentsbioinformaticsbiomedical
⬇ 下载源码 ZIP ⚙️ 配置说明 📺 TG 频道
✦ AI Skill Hub 推荐

经 AI Skill Hub 精选评估，PubMed MCP服务器 获评「强烈推荐」。这款MCP工具在功能完整性、社区活跃度和易用性方面表现出色，AI 评分 8.0 分，适合有一定技术背景的用户使用。

📚 深度解析

PubMed MCP服务器 是一款基于 MCP（Model Context Protocol）标准协议的 AI 工具扩展。MCP 协议由 Anthropic 开发并开源，旨在建立 AI 模型与外部工具之间的标准化通信接口，目前已被 Claude Desktop、Claude Code、Cursor 等主流 AI 工具采纳。

通过安装 PubMed MCP服务器，你的 AI 助手将获得额外的工具调用能力，可以用自然语言直接操控该工具的功能，无需学习复杂的命令行语法。MCP 工具的核心价值在于"一次配置，永久增强"——配置完成后，每次与 AI 对话时都可以无缝调用这些工具。

在技术实现上，MCP 工具通过标准的 JSON-RPC 协议与 AI 客户端通信，工具的功能以"工具列表"的形式暴露给 AI 模型，AI 可以按需调用。PubMed MCP服务器 提供了结构化的工具调用接口，使 AI 模型能够精确地理解和使用每个功能点，显著降低 AI 在工具使用上的错误率。

与传统的 API 集成相比，MCP 工具的优势在于无需编写代码——用户只需在配置文件中添加几行 JSON，即可让 AI 获得全新能力。AI Skill Hub 将 PubMed MCP服务器 评为 AI 评分 8.0 分，属于同类工具中的优质选择。

📋 工具概览

PubMed MCP服务器 是一款遵循 MCP（Model Context Protocol）标准协议的 AI 工具扩展。通过 MCP 协议，它可以让 Claude、Cursor 等主流 AI 客户端直接访问和操作外部工具、数据源和服务，实现 AI 能力的无缝扩展。无论是文件操作、数据库查询还是 API 调用，都可以通过自然语言在 AI 对话中直接触发，极大提升生产效率。

GitHub Stars
⭐ 101
开发语言
TypeScript
支持平台
Windows / macOS / Linux
维护状态
轻量级项目，按需更新
开源协议
Apache-2.0
AI 综合评分
8.0 分
工具类型
MCP工具
Forks
20

📖 中文文档

以下内容由 AI Skill Hub 根据项目信息自动整理，如需查看完整原始文档请访问底部「原始来源」。

PubMed MCP服务器 是一款遵循 MCP（Model Context Protocol）标准协议的 AI 工具扩展。通过 MCP 协议，它可以让 Claude、Cursor 等主流 AI 客户端直接访问和操作外部工具、数据源和服务，实现 AI 能力的无缝扩展。无论是文件操作、数据库查询还是 API 调用，都可以通过自然语言在 AI 对话中直接触发，极大提升生产效率。

📌 核心特色
  • 通过标准 MCP 协议与 Claude、Cursor 等主流 AI 客户端深度集成
  • 提供结构化工具调用接口，显著降低 AI 集成复杂度
  • 支持 Claude Desktop 和 Claude Code 无缝接入，开箱即用
  • 可与其他 MCP 工具组合叠加，构建完整 AI 工作站
  • 轻量无侵入设计，不影响现有系统架构
🎯 主要使用场景
  • 在 Claude Desktop 对话中直接调用本地工具，实现 AI 与系统的深度联动
  • 通过自然语言驱动复杂的多步骤自动化任务，代替繁琐手动操作
  • 将多个 MCP 工具组合使用，构建个人专属 AI 工作站
以下安装命令基于项目开发语言和类型自动生成，实际以官方 README 为准。
安装命令
# 方式一：通过 Claude Code CLI 一键安装
claude skill install https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server

# 方式二：手动配置 claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp---": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "pubmed-mcp-server"]
    }
  }
}

# 配置文件位置
# macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
# Windows: %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json
📋 安装步骤说明
  1. 确认已安装 Node.js（v18 或以上版本）
  2. 打开 Claude Desktop 或 Claude Code 的 MCP 配置文件
  3. 按「交给 Agent 安装 → Claude Desktop」标签中的 JSON 配置填入 mcpServers 字段
  4. 保存配置文件并重启 Claude 客户端
  5. 重启后，在对话中即可使用本工具
以下用法示例由 AI Skill Hub 整理，涵盖最常见的使用场景。
常用命令 / 代码示例
# 安装后在 Claude 对话中直接使用
# 示例：
用户: 请帮我用 PubMed MCP服务器 执行以下任务...
Claude: [自动调用 PubMed MCP服务器 MCP 工具处理请求]

# 查看可用工具列表
# 在 Claude 中输入："列出所有可用的 MCP 工具"
以下配置示例基于典型使用场景生成，具体参数请参照官方文档调整。
配置示例
// claude_desktop_config.json 配置示例
{
  "mcpServers": {
    "pubmed_mcp___": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        // "API_KEY": "your-api-key-here"
      }
    }
  }
}

// 保存后重启 Claude Desktop 生效
📑 README 深度解析 真实文档 完整度 74/100 查看 GitHub 原文 →
以下内容由系统直接从 GitHub README 解析整理，保留代码块、表格与列表结构。

简介

@cyanheads/pubmed-mcp-server

Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), citations, MeSH terms via MCP. STDIO or Streamable HTTP.

11 Tools • 1 Resource • 1 Prompt

Version License Docker MCP SDK npm TypeScript Bun

</div>

Install in Claude Desktop Install in Cursor Install in VS Code

Framework

</div>

Public Hosted Server: https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

</div>

---

Overview

Biomedical literature from PubMed, PubMed Central, and Europe PMC. Search it, fetch metadata and full text, resolve identifiers and partial citations, format references, and ground queries in MeSH vocabulary. Runs as a stdio process, a local Streamable HTTP server, or the public hosted endpoint above.

Features

Built on @cyanheads/mcp-ts-core: stdio and Streamable HTTP transports, pluggable auth (none / jwt / oauth), swappable storage (in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1), structured logging with optional OpenTelemetry tracing.

PubMed-specific:

  • NCBI E-utilities (ESearch, EFetch, ESummary, ELink, ESpell, EInfo, ECitMatch) and the PMC ID Converter, with Europe PMC, OpenAlex, and Unpaywall filling the gaps
  • Shared NCBI request queue: paced request starts, capped concurrency, a cooldown that holds every caller after an NCBI 429, and one deadline covering queue wait and retries
  • XML parsing built for PubMed's inconsistent records: structured abstracts, missing fields, varying date formats
  • Forgiving identifiers: a zero-padded PMID resolves as the PMID it spells in every tool that takes one; pubmed_fetch_fulltext also matches DOIs case-insensitively and PMC IDs with or without the PMC prefix
  • Hand-rolled citation formatters (APA, MLA, BibTeX, RIS, Vancouver) with no dependencies

Agent-friendly output:

  • Provenance on every response: source labels, license fields, best-effort warnings on Unpaywall results, and effective-query echo on searches, so agents can judge what to trust
  • Graceful partial failure: batch tools return per-item success/error rows instead of failing the request, with structured status codes and actionable next-step text
  • Discriminated output contracts: source: "pmc" | "unpaywall", typed unavailable reasons, viaSource and triedTiers fields, so callers branch on data, not string parsing

Prerequisites

  • Bun v1.4.0 or higher (or Node.js v24+).
  • Optional: an NCBI API key raises the rate limit from 3 to 10 requests per second.

Getting started

Installation

  1. Clone the repository:
git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
  1. Navigate into the directory:
cd pubmed-mcp-server
  1. Install dependencies:
bun install
  1. Configure environment:

```sh cp .env.example .env

Development guide

See CLAUDE.md for development guidelines and architectural rules. The short version:

  • Handlers throw, framework catches — no try/catch in tool logic
  • Use ctx.log for logging, ctx.state for storage
  • Register new tools and resources in the createApp() arrays in src/index.ts
  • Wrap external API calls: validate raw → normalize to domain type → return output schema; never fabricate missing fields

edit .env and set NCBI_API_KEY, NCBI_ADMIN_EMAIL, and UNPAYWALL_EMAIL as needed

```

Configuration

VariableDescriptionDefault
NCBI_API_KEYNCBI API key; raises the rate limit from 3 to 10 req/s.none
NCBI_ADMIN_EMAILContact email sent with NCBI requests, as NCBI recommends.none
NCBI_REQUEST_DELAY_MSMinimum gap between NCBI request starts, in ms.400 (100 with a key)
NCBI_MAX_CONCURRENTMax concurrent in-flight NCBI requests.8
NCBI_MAX_RETRIESRetry attempts for failed NCBI requests.6
NCBI_TIMEOUT_MSPer-request HTTP timeout, in ms.30000
NCBI_TOTAL_DEADLINE_MSDeadline for one NCBI call across queue wait, retries, and backoff, in ms. A call that can't start in time is rejected at once.60000
UNPAYWALL_EMAILContact email for Unpaywall. Setting it enables the Unpaywall tier of pubmed_fetch_fulltext for non-PMC DOIs.none
UNPAYWALL_TIMEOUT_MSPer-request timeout for Unpaywall lookups and content fetches, in ms.20000
EUROPEPMC_ENABLEDSet false to disable every Europe PMC call: both Europe PMC tools go unregistered, pubmed_fetch_fulltext skips that tier, and pubmed_find_related skips that fallback.true
EUROPEPMC_EMAILOptional contact email sent with Europe PMC requests.none
EUROPEPMC_REQUEST_DELAY_MSMinimum gap between Europe PMC request starts, in ms.200
EUROPEPMC_MAX_RETRIESRetry attempts for failed Europe PMC requests.3
EUROPEPMC_TIMEOUT_MSPer-request timeout for Europe PMC calls, in ms.20000
MCP_TRANSPORT_TYPETransport: stdio or http.stdio
MCP_HTTP_PORTHTTP server port.3010
MCP_SESSION_MODEHTTP session mode: stateless, stateful, or auto.stateless
MCP_AUTH_MODEAuthentication: none, jwt, or oauth.none
MCP_LOG_LEVELLog level (debug, info, warning, error, etc.).info
LOGS_DIRDirectory for log files (Node.js only).<app-root>/logs
STORAGE_PROVIDER_TYPEStorage backend: in-memory, filesystem, supabase, cloudflare-kv/r2/d1.in-memory
OTEL_ENABLEDEnable [OpenTelemetry](https://github.com/cyanheads/mcp-ts-core/tree/main/docs/telemetry).false

See .env.example for every server setting and the common framework overrides.

Capability reference

🎯 aiskill88 AI 点评 A 级 2026-05-30

高质量的MCP工具，易于使用和扩展

📚 实用指南（长尾问题）
适合谁
  • 需要让 Claude / Cursor 操作本地工具的 AI 工程师
  • 构建多智能体协作系统的 Agent 开发者
最佳实践
  • 配置 MCP 服务器时建议使用 stdio 传输 + JSON-RPC，避免暴露公网
  • 生产部署优先使用 Docker Compose 隔离依赖，并挂载 volume 持久化数据
  • Agent 任务先做 dry-run 验证工具调用链，再开启自主执行
常见错误
  • API key 直接提交到 git 仓库（请用 .env 并加入 .gitignore）
  • MCP 配置路径拼错或权限不足，重启 Claude Desktop 才生效
  • 容器内无法访问宿主机 localhost — 使用 host.docker.internal
部署方案
  • Docker：pubmed-mcp-server 提供官方镜像，docker compose up 一键启动
  • 云端托管：可放在 Vercel / Railway / Fly.io 等 PaaS 平台
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⚡ 核心功能

👥 适合谁
  • 需要让 Claude / Cursor 操作本地工具的 AI 工程师
  • 构建多智能体协作系统的 Agent 开发者
⭐ 最佳实践
  • 配置 MCP 服务器时建议使用 stdio 传输 + JSON-RPC，避免暴露公网
  • 生产部署优先使用 Docker Compose 隔离依赖，并挂载 volume 持久化数据
  • Agent 任务先做 dry-run 验证工具调用链，再开启自主执行
⚠️ 常见错误
  • API key 直接提交到 git 仓库（请用 .env 并加入 .gitignore）
  • MCP 配置路径拼错或权限不足，重启 Claude Desktop 才生效
  • 容器内无法访问宿主机 localhost — 使用 host.docker.internal

👥 适合人群

Claude Desktop / Claude Code 用户AI 工具开发者需要扩展 AI 能力的专业人士自动化工程师

🎯 使用场景

  • 在 Claude Desktop 对话中直接调用本地工具，实现 AI 与系统的深度联动
  • 通过自然语言驱动复杂的多步骤自动化任务，代替繁琐手动操作
  • 将多个 MCP 工具组合使用，构建个人专属 AI 工作站

⚖️ 优点与不足

✅ 优点
  • +Apache-2.0 协议，可免费商用
  • +标准化 MCP 协议，生态互联性强
  • +与 Claude 官方生态无缝对接
  • +即插即用，配置简单快捷
⚠️ 不足
  • −依赖 Claude 客户端，非 Claude 用户无法使用
  • −MCP 协议仍在持续演进，接口可能变更
  • −需要一定的配置步骤
⚠️ 使用须知

AI Skill Hub 为第三方内容聚合平台，本页面信息基于公开数据整理，不对工具功能和质量作任何法律背书。

建议在沙箱或测试环境中充分验证后，再部署至生产环境，并做好必要的安全评估。

📄 License 说明

✅ Apache 2.0 — 宽松开源协议，可商用，需保留版权声明和 NOTICE 文件，含专利授权条款。

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❓ 常见问题 FAQ

pubmed-mcp-server 是一款TypeScript开发的AI辅助工具。开源MCP工具：Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), cit。⭐101 · TypeScript 主要应用场景包括：搜索和获取生物医学文章。
💡 AI Skill Hub 点评

AI Skill Hub 点评：PubMed MCP服务器 的核心功能完整，质量优秀。对于Claude Desktop / Claude Code 用户来说，这是一个值得纳入个人工具库的选择。建议先在非生产环境试用，再逐步推广。

⬇️ 获取与下载
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✅ Apache-2.0 协议 · 可免费商用 · 直接从 aiskill88 服务器下载，无需跳转 GitHub

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🌐 原始信息
原始名称 pubmed-mcp-server
原始描述 开源MCP工具：Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), cit。⭐101 · TypeScript
Topics mcpai-agentsbioinformaticsbiomedical
GitHub https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server
License Apache-2.0
语言 TypeScript
🔗 原始来源
🐙 GitHub 仓库  https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server 🌐 官方网站  https://www.npmjs.com/package/@cyanheads/pubmed-mcp-server

收录时间：2026-05-30 · 更新时间：2026-05-30 · License：Apache-2.0 · AI Skill Hub 不对第三方内容的准确性作法律背书。

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