# R5 | 资产补全（预计 1-1.5 天）

- 前置：R1（契约工件名已统一，本轮新模板按统一名落地）。
- 背景：审计三章 D 组 9 项 + I-1 裁决（paper2code 以 references 并入 m05）。目标：零脚本技能清零（m13/a04）、零模板关键交付物清零（m03/m09）。
- 通用纪律：新脚本必须带**离线** selftest、跑完不留产物、登记 WHATS_INCLUDED.md；新模板必须被对应 SKILL.md 引用且 check_skill_links 过。

## R5.1 m03 立项卡模板 + 检索接线
- 修法：
  1. 新建 `skills/light-idea-generation/templates/idea_card.md`：字段对齐 m04 复核所需——`idea_id / 标题 / 一句话机制 / 新颖性主张 / 最近邻工作(≥3, 带检索留痕) / 与其差异 / 风险与失效条件 / 最小验证实验 / 数据可行性 / 算力与成本预估`。产出文件名与 R1.4 契约一致（`idea_candidates.md` 由多张卡组成，卡式模板服务单条）。
  2. SKILL.md 检索步骤改为指向 m01 已验证脚本（search_normalize/snowball），删除教模型手拼 URL 的段落。
- 验收：m04 SKILL.md 能按 idea_card 字段逐项复核（m04 侧加一行消费声明，双向）。

## R5.2 m09 规划卡模板 + PLOS 栏宽
- 修法：新建 `skills/light-figure-planning/templates/figure_plan_card.md`（双层字段：上层叙事——讲什么故事/放哪节/与哪条 claim 绑定；下层规格——图型/尺寸/栏宽键/配色约束/无障碍检查）；PLOS 栏宽数据补进 m09 表与 figure_export.py JOURNAL_SPECS（连带 R1.3 真相源纪律：数字只进脚本）。
- 验收：m11 SKILL.md 声明消费该卡（双向）；selftest 过。

## R5.3 m13 venue_signal.py（全组唯一零脚本清零）
- 规格：
  - 输入：`--author "姓名" --issn 1234-5678`（或 venue 名）；
  - 行为：封装 OpenAlex Authors/Sources 查询（限流口径**引用 m01 真相源**，R1.1 成果），输出五信号对照 JSON：发文量趋势 / 自引率粗查 / 审稿周期线索（来自 db01 卡）/ 作者与该刊匹配度（主题重叠）/ APC 与分区（db01 卡）；
  - `--selftest`：mock JSON 离线跑通全逻辑；
  - 网络失败优雅降级：能查多少出多少，缺的字段标 `unavailable`。
- 验收：selftest 离线绿；WHATS_INCLUDED 登记；SKILL.md 用法示例。

## R5.4 m05 功效分析 + 预算 + 复现协议（并 I-1）
- 修法：
  1. references 增"统计功效与样本量/种子数规划"节：statsmodels `TTestIndPower().solve_power(effect_size, power=0.8, alpha=0.05)` 推算最小样本/种子数，给 2-3 个科研常景算例（检测 mAP 差异/分类准确率差异）；
  2. 实验矩阵模板增"算力/成本预算"字段（GPU 时数×单价估算表）——承接 m04 rubric 维度 7，放行后第一个落地环节必须算账；
  3. **新增"复现已有论文"协议节**（paper2code 并入）：复现也是一种研究方案——五步：定复现目标（哪张表哪个数）→ 资产盘点（代码/权重/数据可得性）→ 偏差预算（允许差多少算复现成功）→ 复现日志格式 → 复现失败的诚实归因（实现差异/数据差异/原文问题三分）；
  4. 可选：`scripts/plan_lint.py`（实验矩阵四要素齐全性检查：假设/变量/指标/停止条件；离线 selftest）。
- 验收：功效算例数值与 statsmodels 实跑一致（留痕）；复现协议与 a03 衔接声明。

## R5.5 m06 配对检验 + 切片分析 + bootstrap CI
- 修法：
  1. `analyze_results.py` 选择树增加**配对结构识别**：同种子同测试集比较两方法=天然配对设计 → 配对 t/Wilcoxon（功效更高），不识别就会错用独立样本检验；
  2. references 增"切片分析协议"：按子群/难度切分评估（借 Deepchecks model_evaluation 弱分段思路），防整体指标掩盖子群劣化；
  3. AUC 类指标补 bootstrap 配对差值 CI 用法（与 code_assets 既有 bootstrap 工具衔接，先查有无现成的，勿重写）。
- 验收：选择树更新后 selftest 过；配对 vs 独立的判断有测试用例。

## R5.6 m02 增强 + 标注 + cleanlab
- 修法：
  1. 数据增强从一行扩为 references 节：按模态给工具与坑（图像 albumentations / 文本 nlpaug / 时序 tsaug），各 3-5 行 + "增强不得跨 split 泄漏"红线；
  2. 标注规范模板（`templates/annotation_guide.md`：类目定义/边界案例/质检抽样率/IAA 一致性指标）+ LLM 辅助标注与人工审核流程指引（2026 自建数据集主流做法）；
  3. cleanlab 置信学习找标签错误：一节用法（质量评估有"标注质量"指标却无检测手段的缺口）。
- 验收：模板被 SKILL.md 引用；IAA 指标与 code_assets κ 实现衔接声明。

## R5.7 a04 时效锚 + ER 图脚本 + 选型节
- 修法：
  1. references 补"研究日期/实测"标头（7 个常驻技能中唯一没有的）；
  2. 新增 `scripts/er_diagram.py`：输入简单表结构定义（YAML/JSON），输出 Mermaid erDiagram 文本（纯离线，selftest 自带样例输入）；
  3. references 增 pgvector+HNSW 选型节与 OpenTelemetry 可观测一节（科研 AI 系统常用，各 ≤15 行）。
- 验收：a04 零脚本清零；WHATS_INCLUDED 登记。

## R5.8 m15→m11 专利附图断链
- 修法：m11 references 增"专利附图规范"小节：图号编排（图1、图2…与说明书对应）、附图标记线（指引线不交叉、标号字号）、黑白线条图为原则不得着色/灰度阴影限制、流程图框图规范；m15 SKILL.md 把附图需求明确指向该节（双向）。
- 验收：m15/m11 互引成立；grep 验证。

## R5.9 a03 静态类型质量门
- 修法：a03 质量门清单补 mypy/pyright 档位（建议：新项目 pyright basic 起步，库代码 mypy --strict）；scaffold 的 pyproject 模板同步加 `[tool.mypy]` 基础配置；与 uv 路线（R7 统一）不冲突。
- 验收：scaffold 出的项目骨架带类型检查配置且文档说明档位选择。

## 提交切分建议

- `创新提案技能:立项卡模板与检索脚本接线`
- `图表规划技能:规划卡模板与PLOS栏宽`
- `投稿匹配技能:venue_signal五信号查询脚本`
- `研究方案技能:功效分析、算力预算与论文复现协议`
- `结果分析技能:配对检验识别与切片分析协议`
- `数据工程技能:增强、标注规范与标签错误检测`
- `系统设计技能:ER图脚本与选型补全`
- `绘图与知产技能:专利附图规范互引`
- `后端编码技能:静态类型质量门`

## 收尾

总纲 §5 八步（注意：本轮新脚本多，`run_skill_selftests.py` 与 `git status` 干净是重点）；PROGRESS 更新；打印 R6 启动提示词。
