^.*\.Rproj$
^\.Rproj\.user$
^\.git$
^\.gitignore$
^LICENSE\.md$
^README\.Rmd$
^CLAUDE\.md$
^reports$
^tutorials$
^\.DS_Store$
^.*\.Rcheck$
^.*\.tar\.gz$
^bash_scripts$
^Internal$
^PredictRun\.sh$
^LLM_.*\.R$
^doc$
^Meta$
